CINDER para PC

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Cristales de proteínas son una parte esencial de la cristalografía de rayos X, el método predominante utilizado para averiguar la estructura molecular de las moléculas biológicamente importantes, como las proteínas. CSIRO (al igual que muchas otras instituciones de investigación) está interesada en la estructura molecular de las proteínas, ya que es esencial para nuestra investigación en biotecnología.
Encontrar cristales de proteínas lleva mucho tiempo!

Con el fin de hacer crecer un cristal de proteína, CSIRO debe configurar miles de experimentos de cristalización. Estos experimentos son pequeñas gotitas donde las diferentes mezclas de productos químicos se combinan con una muestra de proteína pura concentrada. Desafortunadamente, no hay manera de saber qué combinación de sustancias químicas trabajará para cualquier proteína en particular, por lo que para cada proteína, muchas gotas diferentes se establezcan. Luego tomamos fotos de los experimentos durante muchas semanas, y miramos a ver si se han formado cristales. Menos de 1% de los experimentos han cristales. CSIRO desarrolló Cinder para que podamos Fuente de la muchedumbre nuestra búsqueda de experimentos con cristales. Estamos utilizando esta información para ayudarnos a desarrollar herramientas de análisis de imagen de la máquina para ayudar a encontrar cristales de forma automática. (Un enfoque similar fue utilizado por Facebook para que pueda reconocer las caras de las personas en las fotos).

Uno de los desafíos es que el cristal puede crecer de muchas maneras diferentes, y en muchas formas diferentes. Cuando pensamos en los cristales pensamos en algo así como un grano de sal, o de un diamante. Pero cristales también pueden ser largas y delgadas (como espaguetis) o agrupaciones de pequeñas agujas - como un erizo de mar. Los cristales pueden ser grandes y muy fácil de detectar, o pueden estar escondido en una nube de proteína precipitada (casi como una niebla). Así, nuestro programa de computadora utilizado para encontrar cristales no sólo puede buscar un tipo de cristal, pero tiene que ser entrenado en un gran conjunto de diferentes imágenes, algunas de ellas con cristales, algunos sin cristales. Los seres humanos son muy buenos para encontrar cristales en las imágenes, y hemos desarrollado Cinder para que pueda ayudarnos a crear el conjunto de entrenamiento que será utilizado para ayudar al programa informático aprender cómo encontrar cristales.

Cinder es una aplicación fácil de usar, deslizar el adecuado para los cristales. Su clasificación de cada experimento se empuja de nuevo a CSIRO.

Los cristales que encontramos se utilizarán para generar estructuras atómicas de las proteínas, que se utilizan para ayudar a los científicos a comprender la proteína. Estructuras atómicas generados a través de la cristalografía de rayos X se han utilizado para entender cómo funciona el ADN, para desarrollar fármacos contra enfermedades como el VIH, y para revelar las bases moleculares de la fotosíntesis.

Cada golpe de usted es ayudarnos a desarrollar una mejor comprensión de la biología!